2009年，国家开始启动新一轮医改，并尝试建立基本药物制度，要在城市社区卫生服务机构和乡镇基层医疗卫生机构推广基本药物的使用，并且鼓励县级以上医院也优先使用基本药物。基本药物实行省级集中网上公开招标采购、统一配送，并实现零差率销售。基本药物全部纳入基本医疗保障药品报销目录，报销比例明显高于非基本药物。基本药物制度建立之初的目的在于，保证基本药物足量供应和合理使用，转变"以药补医"机制，并最终解决药价虚高的问题。

　　基本药物制度有两个主要内容，一是哪些药物品规纳入基本药物目录，二是省级公开招标采取怎样的形式。2009年8月，国家就公布了拥有307种药物的《国家基本药物目录》。国家要扩大医保的范围，很多药品要由政府来买单，这种情况下，药品降价自然而然就成为新一轮医改的核心内容，而基本药物更是要有一个合理的较低的价格，才符合基本药物制度的初衷。对于很多药物，国家会有零售指导价，但这种行政命令式的药品降价的影响其实是很有限的，因为医药企业可以通过旧药换新装等方法来解决，药价难有实质性的下降。但是医药采购模式的变化，却可能会影响到整个行业的根本。

　　在药品集中招标方面，安徽省创立了"安徽模式"，其有诸多创新，如药品生产企业直接投标、双信封招标、量价挂钩、单一货源承诺、生产企业承担配送责任等，特点是药品降价效果十分明显。2010年11月19日国务院办公厅发布《关于建立和规范政府基层医疗卫生机构基本药物采购制指导意见的通知》。文中肯定了以"双信封招标、量价挂钩"为特点的安徽基药模式，并要求各地要力争2010年12月底前按照本意见规定的采购办法完成一个周期的基本药物采购"。随后，各省纷出台新的基药招标文件，到2011年6月13日为止共有15个省市公布新的招标方案，其中7个省完成了新一轮的基本药物招标，整体进度远低于要求。在已经公布招标方式的各省中，只有上海没有采用双信封法，而采取"安徽模式"的省份药品降价确实非常明显，基本都超过50%。

　　但是，"安徽模式"也暴露了诸多问题，一是恶性竞争导致药价虚低，产品质量缺乏保证；二是价量挂钩落空，根据浙江省医药商业协会和安徽省医药行业协会的联合调研，2010年上半年，安徽全省基层医疗机构的基本药物采购额仅为4.95亿元，日均采购额降至271万元，比2009年下降30%，很显然在降价的同时并没有能够放量；有些卫生院基本药物的配备率只有20%多。这主要是由于在药品大幅度降价的同时，推广基本药物对基层医疗机构医务人员产生的激励也大大降低了，因而基本药物的使用不能得到推广。

　　显然"安徽模式"有可能影响到整个医药行业的正常有效运转，如果这种秩序难以得到平衡和恢复的话，医药采购模式可能会有新的变化，医药电子商务很有可能成为新的发展重点。因为这也可以简化药品招标的中间环节，为降低药品价格提供空间。

　　不管是"安徽模式"还是电子商务，都将建立起医药生产企业与医疗机构的直接通道，这将对流通企业造成较大冲击，甚至对医药流通行业产生深远影响。首先，如果采取医药生产企业与医疗机构的直接通道来进行药物招标，医药流通企业的药品销售及推广的优势将大大减小。基层使用药物大多是普药，由于普药生产厂家众多，以前厂家对商业公司分销渠道的依赖性很强，所以流通企业在普药品种的采购地位上一贯是比较强势的。如果采取面向医药生产企业的直接招标，中标企业相对于医药流通企业将成为强势一方，医药流通企业将由从事药品销售及市场推广为主，变为以提供物流配送为主，经营形态将变得完全不同。当然，从长期来看，医药流通企业还可以围绕着医药价值链多做文章，如医疗产品服务、医药技术服务等(比如帮助医药制造企业进行医药召回)。同时，也正是这种角色的转变，使得医药流通行业走向集中成为可能，市场份额将会集中在几个大企业手中。

　　或许正是看到了新医改对医药流通行业所可能产生的巨大影响，2011年5月5日，商务部正式对外发布了《全国药品流通行业发展规划纲(2011-2015)》，鼓励药品流通企业通过收购、合并、托管、参股和控股等多种方式做强做大，实现规模化、集约化和国际化经营。形成1-3家年销售额过千亿的全国性大型医药商业集团，20家年销售额过百亿的区域性药品流通企业。国药、上药等大型医药流通集团正加快并购步伐，在经营方面也肯定会遇到全新的挑战。新医改的医药采购模式逐渐确定的过程，也就是医药流通行业洗牌、重组的过程，等到医改结束，医药流通行业大概会变得与以往完全不同，这个子行业的地位将不及以往，但是，由于医药流通行业会变得高度集中，这个行业的几个巨无霸企业还是能够具备一定的议价权和垄断利润的。表现在财务上，将是行业的毛利率水平不断下滑，而龙头公司的销售额不断增长。

　　2011年是新医改第一阶段的收官之年，预计下半年仍然会有医改相关配套措施下发。而新医改的目标之一就是，到2011年实现国家基本药物制度基层全覆盖，在所有政府办基层医疗机构实施国家基本药物制度,实行药品零差率销售。基本药物集中招标模式也还处于探索之中，医药流通企业面临行业内部整合与行业经营形态变化的巨大的不确定性，在近期，面对这种不确定性，资本市场大概不会对医药流通企业产生太大的兴趣，可能也正是这种不确定性造成了今年上半年上市的医药流通企业股价的巨大波动。