2011年4月，根据《国务院办公厅关于印发建立和规范政府办基层医疗卫生机构基本药物采购机制指导意见的通知》（国办发〔2010〕56号）和《云南省深化医药卫生体制改革领导小组办公室关于印发云南省2011年国家基本药物和省补充药品集中采购实施方案的通知》（云医改办〔2010〕39号）的精神，为进一步规范云南省基本药物采购药款支付工作，保证基本药物采购药款支付体系安全、可靠、有效运行，实现对基层医疗卫生机构基本药物采购药款的统一支付，为人民群众提供安全有效、价格合理的基本药物，云南省卫生厅、省财政厅、省人力资源和社会保障厅、省监察厅、省审计厅、省招标采购局制定印发了《云南省基本药物集中采购药款支付保障暂行办法》（以下简称《保障暂行办法》）。
    《保障暂行办法》中明确了各相关职能部门以及医疗机构在基本药物集中采购药款支付中的职责。省级卫生行政部门是我省基本药物集中采购的主管部门，负责对全省基本药物集中采购药款支付过程进行监督和指导，协调解决卫生系统付款中出现的问题；各州（市）级卫生行政部门负责对辖区内基本药物集中采购药款支付工作的领导，督促指导各县级卫生行政部门履行工作职责； 县级卫生行政部门负责拨付新型农村合作医疗基金中用于基本药物采购的药款，并收取辖区内的基层医疗卫生机构采购基本药物的药款，汇总后向省招标采购局支付药款。财政部门负责合理安排、及时拨付新型农村合作医疗、城镇居民基本医疗保险等基本医疗保障经费，并加强基本药物集中采购资金的监督管理。人力资源和社会保障部门负责拨付城镇职工基本医疗保险和城镇居民基本医疗保险基金中用于基本药物采购的药款。监察部门负责对卫生部门、财政部门、省招标采购局、人力资源和社会保障部门、基层医疗卫生机构在基本药物采购药款支付过程中的履职行为进行监督和检查，对违纪违规行为进行责任追究。审计部门负责对省招标采购局、县级卫生行政部门和基层医疗卫生机构的基本药物采购情况进行审计，保证专款专用。省招标采购局是基本药物集中采购的责任主体，负责履行基本药物采购的职能，并督促药品供货企业按照购销合同及时供货并配送到位。基层医疗卫生机构负责按照相关要求和规定执行基本药物制度，及时准确地将上年度使用基本药物清单提交给同级卫生行政部门、人力资源和社会保障部门，对采购的基本药物进行网上确认及验收入库，并将基本药物采购药款及时支付给县级卫生行政部门。
    《保障暂行办法》中针对基本药物集中采购制度实施启动初期，基层医疗卫生机构垫付药款资金不足的情况，采取提前预拨的形式，确保基层医疗卫生机构能够及时支付药款，并于年终结算时予以清算。具体规定是：由县级卫生行政部门、财政部门从新农合基金中按参合人数人均10元的标准预付药款，待收到基层医疗卫生机构药款后及时予以归还。预付的药款必须于2011年 9月30日前全部予以归还。
    《保障暂行办法》中对我省基本药物集中采购药款支付的程序和方法提出了要求。具体程序为：县级卫生行政部门作为各县范围内基层医疗卫生机构的代表和主体，代表辖区内的基层医疗卫生机构与采购机构签订授权或委托协议，汇总本县的采购订单向省招标采购局支付基本药物采购药款。省招标采购局作为采购主体按照授权和委托协议规定，向各县卫生部门收取药款、接受采购订单，代表基层医疗卫生机构与供货企业签订购销合同，负责基本药物的集中采购工作，经基层医疗卫生机构收货确认后，将各基层医疗卫生机构基本药物采购药款统一支付给药品供货企业。《保障暂行办法》还明确了基层医疗卫生机构、县级卫生行政部门、药品供货企业以及省招标采购局的违约责任。